Mga punto hinggil sa itinakbo ng mga kasunduan sa pagitan ng MNLF at GRP
SA TULAK NG LIBYA AT NG ORGANIZATION OF Islamic Conference (OIC), pumasok ang rehimeng Marcos at ang MNLF sa Tripoli Agreement noong pagtatapos ng 1976. Itinali na kaagad nito ang MNLF sa balangkas ng "soberanya at teritoryal na integridad" ayon sa depinisyon ng umiiral na reaksyunaryong gubyerno. Kaagad pumaloob ang MNLF sa pakikipagtigil-putukan sa gubyerno. Tulad ng inasahan ng diktadura, ang kasunduan ay nagpalubay sa presyur ng mga Islamikong estado sa gubyernong Marcos, at kasabay niyon nagsilbing pabigat at pumigil sa momentum ng paglaban ng MNLF.
Sentral na nilalaman ng kasunduan ang pagtatatag ng awtonomya sa 13 prubinsya at siyam na syudad sa Mindanao, Sulu at Palawan. Bukod sa hindi malinaw kung papaano maitatayo ang awtonomus na rehiyon sa naturang saklaw, hindi rin malinaw kung papaano maipatutupad ang pamumuno ng MNLF sa mga lugar kung saan maliit na porsyento lamang ang mamamayang Moro. Sa anu't anuman, walang anumang balak, kaya walang ginawang anumang hakbangin ang diktadura para pairalin ang tunay na awtonomya. Sa kunwang pagpapatupad ng kasunduan, nagdagdag ang rehimeng Marcos ng mga kundisyong wala roon, tulad ng pangangailangan muna ng plebisito kung sasang-ayon ang iba't ibang prubinsya at syudad na sumama sa itatayong awtonomus na rehiyon. Nagtayo si Marcos ng dalawang "espesyal na rehiyon" (Regional Autonomous Government-9 sa Central Mindanao at Regional Autonomous Government-12 sa Sulu), na nasa ilalim ng mahigpit na kontrol ng Malakanyang, "awtonomus" lamang sa pangalan, ni wala man lamang sariling badyet at kahit pakitang-taong lehistatura. Hindi na rin niya pinalahok dito ang MNLF, at sa halip tinauhan niya ang ito ng mga sumukong kumander ng MNLF at mga alipures niyang pulitikong Muslim. Dulot nito, noong 1977 ay umatras ang MNLF sa tigil-putukan at bumalik sa armadong paglaban sa gubyerno hanggang sa bumagsak ang diktadura bunga ng unang pag-aalsa sa EDSA. Pero hindi na nakabalik ang MNLF sa lakas ng paglaban nito noong bago ang Tripoli Agreement.
May panaka-nakang mga pag-uusap sa pagitan ng MNLF at ng rehimeng Aquino. Sa udyok ng OIC, pumasok ang MNLF at GRP sa tigil-putukan noong Setyembre 1986. Noong Enero 1987, binitiwan na ng MNLF ang panawagan nito para sa kasarinlan at pumayag na pumaloob sa programa ng gubyerno para sa awtonomya. Batay sa probisyon ng konstitusyong 1987 ng bagong gubyerno, binuo ang Autonomous Region in Muslim Mindanao (ARMM). Ngunit nang idaos ang plebisito para rito, aapat na prubinsya ang nagawang maipaloob sa awtonomus na gubyerno (Maguindanao, Lanao del Sur, Sulu at Tawi-tawi). Kasabay ng pakikipag-usap sa MNLF, tuluy-tuloy itong ikinampanya ng rehimeng Aquino para pahinain ang internasyunal na suporta sa MNLF. Nang matagumpay na nasagkaan ng rehimen ang pagpapaloob ng MNLF sa OIC noong Pebrero 1988, upisyal na idineklara ng MNLF ang pagbabalik sa armadong paglaban. Gayunpaman, hindi na ito gaanong nakabwelo sa paglaban.
Noong 1996, sa ilalim ng rehimeng Ramos at sanhi ng presyur ng OIC, pumasok ang GRP at MNLF sa kasunduang mas malabnaw pa sa Tripoli Agreement. Ang pagpasok ni Misuari sa kasunduang ito ay isa nang lubusan at tahasang kapitulasyon at pagtataksil sa pakikibaka ng mamamayang Moro para sa pagpapasya-sa-sarili. Tinanggap niya ang pamumuno sa isang napakalimitado at sa katunaya'y bogus na kaayusang awtonomus. Pumayag siyang ilimita muna ito sa makitid na saklaw ng ARMM habang diumano'y pasasaklawin pa ito batay sa magiging resulta ng mga plebisito sa hinaharap hanggang sa kalauna'y masasaklaw na rin nito ang 14 (nahati sa dalawa ang isang prubinsya, kaya nadagdagan ng isa) na prubinsya at siyam na syudad na tinukoy ng Tripoli Agreement at tinawag sa bagong kasunduan na Special Zone of Peace and Development (SZOPAD). Sa plebisito na ipinatawag ng rehimeng Macapagal-Arroyo nitong Agosto, nadagdagan ng isang prubinsya at isang syudad ang saklaw ng ARMM nang sumang-ayong ipaloob dito ang Basilan at Marawi City.
Nagkasya na lamang si Misuari sa pagiging gubernador ng ARMM. Hinubad niya ang nalalabing pagkukunwang rebolusyonaryo at bumagsak siya sa pagiging tradisyunal na pulitiko, gaya sa gawi nilang pangungurakot sa kaban ng bayan, pagpapayaman sa sarili, pamumuhay nang marangya at sukdulang pagpapabaya sa kapakanan ng mamamayan.
Para kunwa'y may kapangyarihan si Misuari sa SZOPAD, hinirang din siya ni Ramos bilang tagapangulo ng Southern Philippines Council for Peace and Development (SPCPD). Ipinain kay Misuari ang halagang P20 bilyong pangakong badyet para sa kanyang pagsasalamangka, bagamat kalahati lamang nito ang aktwal na naibigay.
Sa ilalim ng mga rehimeng Ramos at Estrada, nagawa ni Misuari na antalain nang antalain ang pagdaraos ng halalan para sa ARMM upang patuloy na makaupo bilang tagapangulo niyon. Ngunit desididong itinuloy na ito ng rehimeng Macapagal-Arroyo upang alisin na rin si Misuari at ipalit sa kanya si Parouk Hussin ng Konseho ng 15, ang bagong pamunuan ng MNLF, matapos nilang maalis si Misuari bilang tagapangulo nito.
Ilang linggo pagkatapos ng pagpapatalsik kay Misuari bilang pinuno ng MNLF, tinanggal naman siya ng Malakanyang bilang tagapangulo ng SPCPD. Ipinalit sa kanya si Muslimin Sema, Pangkalahatang Kalihim ng MNLF sa pamumuno ng Konseho ng 15 at kasalukuyan ding alkalde ng Cotabato City.
Nakipagkoordina ang rehimeng Macapagal-Arroyo sa Konseho ng 15 sa pamamagitan ni Norberto Gonzales, tagapangulo ng Partido Demokratiko-Sosyalista ng Pilipinas (PDSP) at tagapayo ng presidente para sa mga "natatanging usapin". Ang PDSP ay isang makakanang partido pulitikal na may mahabang kasaysayan ng pakikipag-ugnayan sa MNLF mula pa noong panahon ng diktadurang Marcos.
May pansariling layunin si Macapagal-Arroyo sa mga ginagawa nitong maniobra sa panggigipit at pagpapatalsik kay Misuari. Pangunahin na ang balak nitong ipailalim sa mahigpit na kontrol ang ARMM bilang paghahanda para sa reeleksyon niya sa 2004. Bagamat mahigit isang milyon lamang ang botante sa ARMM, ang mas mahalaga'y magamit ito bilang solidong base para sa pagmamanipula ng boto ng malaking bahagi ng mamamayang Moro maging sa mga lugar na labas sa ARMM. Nais din ng rehimeng akitin ang Moro Islamic Liberation Front na makipagkasundo na sa gubyerno sa pamamagitan ng pagbibigay dito ng puwang sa balangkas ng ARMM, kasama ang bagong pamunuanp ng MNLF.
Natuloy ang eleksyon ng ARMM nitong Nobyembre 26. Nanalo at pumalit kay Misuari si Parouk Hussin ng Konseho ng 15.
| 
