Kasabay ng malakihang pagbawas sa mga badyet ng state university at college (SUC) sa buong bansa ang halos kalahating pagkaltas sa badyet para sa mga SUC sa Mindanao para sa 2025. Isa sa pinakamalaking kinaltasan ang sistema ng Mindanao State University (MSU), na binubuo ng limang kampus (Marawi, Naawan, Maguindanao, General Santos at Sulu) na kalakhan ng mga estudyante ay mga Moro. Malaki rin ang ibinaba ng badyet ng MSU-Tawi-tawi College of Technology and Oceanography na may hiwalay na badyet.

Mula sa ₱12.4 bilyon noong 2024, nilaanan lamang ang MSU System ng ₱6.99 bilyon ngayong taon, o ₱5.4 bilyon na mas mababa. Malaki rin ang kinaltas sa badyet ng MSU-Tawi-tawi, mula ₱2.8 milyon noong 2024 tungong ₱1.7 na lamang ngayong taon. Tanging ang MSU-Iligan Institute of Technology ang bahagyang tumaas, mula ₱1.38 bilyon noong 2024 tungong ₱1.4 bilyon ngayong taon.

Itinayo ang mga kampus ng MSU para bigyang oportunidad ang kabataang Moro sa edukasyong kolehiyo. Ang pangunahing kampus nito ay nasa Marawi City sa prubinsya ng Lanao del Sur. Mayaman ang kasaysayan nito sa pagluluwal ng mga gradweyt na nagsisilbi sa mamamayan sa Mindanao. Sa ngayon, halu-halo ang mga estudyante nito mula sa iba’t ibang bahagi ng isla. Gayunpaman, nananatiling dominante ang mga Moro na guro at estudyante sa mga kampus nito. Nag-aalok din ito ng mga scholarship na mga Moro ang pangunahing tumatangkilik.

Noong 2017, lubhang nadiskaril ang operasyon ng pangunahing kampus nito nang salakayin ng AFP ang Marawi City at ipinataw ng noo’y rehimeng Duterte ang martial law sa Mindanao. Nagdulot ito troma at iba pang masasamang epekto sa mga guro at estudyante. Marami ang napalayas sa kampus at bumagsak ang enrollment sa unibersidad dulot ng pagbakwit ng malaking bahagi ng populasyon sa syudad. Imbes na palakasin ang unibersidad, kasabay ng maagap na pagbabalik ng mga bakwit sa kanilang mga lugar, ibinalam ng reaksyunaryong estado ang proseso ng rehabilitasyon at inuna ang pagtatayo ng kampong militar. Hindi pa nakababawi ang mga residente dito hanggang ngayon.

Liban sa MSU, kinaltasan din ang badyet ng Northern Bukidnon State College, Davao del Sur State College, Sultan Kudarat State College, Surigao de Norte State College at Cotabato State University. Mayroong kabuuang 34 pampublikong unibersidad at kolehiyo sa Mindanao. Sa pangkabuuan, bumaba ng 6.38% ang badyet na inilaan sa mga ito ngayong taon kumpara sa 2024.

Sa pambansang antas, kinaltasan ng pangkabuuang ₱6.07 bilyon ang badyet para sa mga SUC ngayong taon. Kabilang sa mga binawasan ang sistema ng University of the Philippines, na may kampus sa Tugbok District, Davao City (UP-Mindanao).