Sinalubong ng protesta ng mga demokratikong organisasyon ang pagbubukas ng Balikatan 39-24 noong Abril 22. Sa pangunguna ng Bagong Alyansang Makabayan (Bayan), nagprotesta sila sa hedkwarters ng Armed Forces of the Philippines sa Camp Aguinaldo sa Quezon City para ipatigil ang war games ng tropang militar ng US at Pilipinas sa bansa.

Noong Abril 26, nagmartsa patungong embahada ng US ang mga manggagawa para tuligsain ang isinasagawang Balikatan war games. Ang pagkilos ay pangatlo sa serye ng inilunsad ng Kilusang Mayo Uno na protesta kada Biyernes noong Abril. Nagprotesta rin malapit sa embahada ng US ang mga grupo mula sa Southern Tagalog noong Mayo 5 at mga grupo ng kababaihan noong Mayo 6.

Samantala, kinundena ng Bayan-Ilocos ang paglulunsad ng ilang bahagi ng Balikatan 39-24 sa rehiyon. Hindi bababa sa 2,000 tropang militar ng Pilipinas at US ang pumunta sa Ilocos para sa war games. Nakatakdang isagawa sa La Paz sand dunes sa Barangay La Paz, Laoag City, Ilocos Norte ang live-fire exercises. Nakatakda ring pasabugin at palubugin ng pwersa ng US at Pilipinas ang BRP Lake Caliraya, isang barkong decommissioned, sa karagatan sa tapat ng prubinsya. Lubhang apektado nito ang kabuhayan sa rehiyon, laluna ng mga mangingisda na pinatigil sa pagpalaot.