Walang-puknat ang mga paglabag sa karapatang-tao ng Armed Forces of the Philippines (AFP) sa gitna ng malawakang militarisasyon ng mga yunit nito sa kanayunan. Sa kasagsagan ng mga operasyong kombat at okupasyong militar nito, naitala ang mga kaso ng pagpaslang, pagkakampo sa mga sentrong lungsod, panghaharas at panggigipit sa mga residente sa mga barangay ng Occidental Mindoro, Northern Samar at Sultan Kudarat.

Sa Occidental Mindoro, pinaslang ng 203rd IBde ang mandirigma ng Bagong Hukbong Bayan (BHB)-Mindoro (Lucio de Guzman Command) si Anhing Ingayan Da-it (Ka Oca) noong Hulyo 9 sa Sityo Santo Cristo, Barangay Lourdes, Magsaysay. Nadakip nang buhay ng mga sundalo ang sugatang si Da-it matapos ang isang labanan. Sa halip na arestuhin at gamutin bilang paggalang sa kanyang mga karapatan, walang pakundangan siyang pinaslang ng mga pasistang berdugo. Matapos nito, hinigpitan ng militar ang kilos at mga aktibidad ng mga residente sa komunidad.

Sa Northern Samar, ipinailalim sa interogasyon ng 19th IB at 43rd IB ang dalawang magniniyog sa Barangay Cuenco at Caputoan sa Las Navas noong Hulyo 8. Nang walang makuhang impormasyon, pinagbubugbog sila at pinahirapan sa pamamagitan ng pagpapaikot-ikot hanggang sa mahilo. Hindi sila agad na pinakawalan dahil hindi kaagad nakumpirma ng mga sundalo ang pagkakakilanlan ng mga biktima. Noong Hulyo 9, sapilitang pinapunta ang ilang residente ng Barangay Caputoan sa hedkwarters ng 19th IB sa Barangay Opong, Catubig.

Sa Sultan Kudarat, nakakampo ang mga sundalo ng 37th IB, 57th IB, at 40th IB sa mga barangay ng Hinalaan, Datu Wasay, at Sangay sa Kalamansig. Matapos isagawa ang operasyong kombat na laking-brigada noong Mayo, inokupa nila ang mga komunidad sa tabing ng community support program operation.

Habang nakakampo, pinagbabawalan ng mga sundalo ang mga residente na pumunta sa gubat para tingnan ang kanilang mga patibong (sa baboy-ramo at usa) na alternatibo pangkabuhayan. Idinidikta rin nila ang oras ng pagpunta ng mga magsasaka sa mga sakahan. Nagpatawag din ang mga sundalo ng mga “pulong-pulong” para pagbantaang kakasuhan ang mga residente na tumutulong sa BHB. Kinausap din ng mga sundalo ang pamilya ng pinagdududahan mga pultaym na Pulang mandirigma at pinagbabantaang ipakukulong nang dalawang taon.